shutdownfixで正常にシャットダウンできるようになりました。
デバイスマネージャーに!マークが相変わらず一つ残ってますが。
Rampage2Extreme環境は崩してしまいGeForce7950GTも売り払ってしまいましたので
確認したのは下記環境のみです。

GA-EP45-ud3l(r)（RAM:8G、CPU:Q9650、NIC:GbE-PCI2）
VGA：NVIDIA GeForce 7650 GS（PCI-E、VRAM256MB）

>>637
AGP環境は試したことがありません…
RLoew氏のパッチのAGPオプションは気になりますが、
もしかしたらVRAM512MBのVGAも動作するのかも。