>>96
2つ原因があるようです。

1、過度に明るいコントラストの表示の部分で目が疲れる
2、文字が汚いことで発生する疲労があります。
  活字とかWindows以外の端末の文字は表示が滑らかなので
  文字を図形として判断できます。
  Windowsのビットマップフォントや、境目がギザギザ文字は
  図形ではなく点の集まりになります。
  点の集まりを脳が図形として処理するために疲れる。

Windowsの疲労はこの2つが主な理由になるのかと思います。