一瞬なにが違うのかと思ったｗ
rm -rf / システム全部削除
rm -rf ./ 現在のディレクトリ以下の削除

だから前者で合ってる
正直システムは入れ直せばいいだけなので
rm -rf ~/ ホームディレクトリ以下の削除
の方が怖い