Bluetooth？それだったか忘れたがDual Shock3とか書いてある
Bluetoothで接続するゲームパッドを使っていたことがあるが、
ドライバの動きからして、なんか既存のBluetoothドライバを
乗っ取って置き換えるような感じがしたなぁ。
そのBluetoothドングルが、ゲームパッド専用になる。

なのでデバイスマネージャから削除するだけじゃなくて、
そのドライバを完全にアンインストールしないと駄目だったはずだよ。
もしくはなんかそのソフトに、アンロードするような機能が無かった？

Windowsの標準のドライバ管理を抑制して
割り込ませるようなかなり無理矢理な実装だと思うので
何かあってもWindowsのせいではないね