> いやレジストリの肥大化は容量そのものよりもゴミデータの増加によって動作が不安定になる影響が怖いんだよ

データの増加で不安定になるわけじゃないぞ

> 良くある例がアンインストールしたはずのソフトがいつまでもコンパネのプログラム一覧に残っているということがあるだろ

残ってるだけですよね？

> あれなどはレジストリのデータが壊れている典型的な例

いえ、単に残ってるだけです。
ショートカットファイルの先がないのと同じで軽微な問題です。

> まあその程度であれば表面上は大きな問題にはならないが、登録されているDLLのバージョンが狂ったりすると致命的な障害を引き起こす可能性が高い

もはやレジストリ関係ないですね。不適切なDLLのバージョンがインストールされているのとナジです。

> 特にVisualStudio(というか主にSDK)などの開発環境のバージョン変更を繰り返すと大量のDLLの更新が発生するので障害発生の危険性が高い

そういうDLLはシステムの稼働に関係ないので、まず影響ないですね。

> 定期的にクリーンインストールしているのはそういった問題を回避するためだよ

クリーンインストールしてもVisual Studioをインストールすれば同じことでしょう？

まあVisual Studio使わない人のほうが多いし、結論的にはレジストリの肥大化とは関係ないという話ですね