> 代替保留済みの場合は、Windowsのチェックディスクの際にファイルシステムに不備があって
> 論理的な不良セクタとしてマークされている場合が多いです

Windowsは関係ない。チェックディスクも関係ない。
HDD自体はファイルシステムが何であるかも知らない
論理的な不良セクタでもないし、代替保留済みはOSが書き込むものでもない
わかり易い例で言えば、Linuxでだって発生するわけで


代替保留済みはアクセスの際に一時的にエラーが発生した場合。
一時的にエラーが発生したので、代替保留というマークが付けられる

再度同じ箇所にアクセスして問題なければ、エラーは消えるが、
問題があれば、その箇所は壊れてる＝不良セクタとして
予備で備えられている、代替領域のセクタと交換する

格上げをどういう意味で使ってるのか知らないが、
代替セクタになったというのは、そのセクタは壊れたということ

ようは残りの予備セクタがどれくらいあるのかわからんのが問題なんだよな
だからもう予備がないのか、まだまだ使えるのかわからない