アイコンが最下列にはみ出るのは仕様だと思うなぁ
グラフィックドライバーの再インストール作業中に画面解像度が800x600になったら、アイコンが画像右側のような並びになった

あとアイコンの自動整列はオンにしてる？
俺はしてなくてこの状態