別にドライブレターがバッティングしてもどっちかを勝手にずらしてくれるので普通は消失しないはず
消えるとすれば、ドライブの初期化がBIOSの応答に間に合わないことが起きてると思う
BIOSで待ち時間をもっと増やしてみて様子をみるとか