まるごとバックアップはありえんわ
何らかの不具合が発生した際に、不具合を抱えたシステム部分を丸ごと復元したら無意味じゃん
俺は個人データはユーザーディレクトリに全部まとめてるからユーザーディレクトリをバックアップするのとあと他のソフトで個別にデータ書き出しとかする
手間だが、システムと分離されているので潔癖には最高