長文失礼します。アドバイス下さい。

ssd換装に伴いデスクトップを別ドライブ(hdd f:)に移動しました
ですがそのドライブに不具合がでたため再度別hdd j:にデスクトップを移動しました。リンクの変更は動いていたフォルダから行いappdataもコピーをしました。レジストリはLOCAL_MACHINE以下のuserprofileが変更されているのを確認しました。以前のことで忘れていることがあるのかwin7は普通に起動しますが動作しないソフトがあり、アプリケーションのアンインストールもできないものもあったりしてます。
hdd f:を外部ドライブで繋いだら動くのでシステムの参照先がおかしくなっているのだろうとは予想出来るのですがお手上げです。なにかわかる方いたら教えていただけませんでしょうか。