デスクトップを別ドライブにというのが分かりにくいんだが
デスクトップパソコンのOS（やソフトウェア）の入ったHDDをSSD（F:）にクローンで換装したけどSSD（F:）に不具合が出たからSSD（J:）に再度クローンで換装したけどソフトウェアが動かないということ？
それともユーザーフォルダのデスクトップやマイドキュメント等とappdataをコピーして移動したということ？
それともその他？