OS起動中は使用中とされているシステムファイルがあるのがその理由のひとつ
つぎに、system権限として起動しているエクスプローラーからは、フルコントロールアクセス権のないファイルはWindowsフォルダ内でも
「TrustedInstaller」のみにフルコントロールが設定されている3個程度
ほぼ全てのファイル操作が可能である
PEのコマンドプロンプトで操作してもいいけど、エクスプローラーでの操作の方が楽ですね