まだ定かじゃないんです。自分のac.jsの編集の仕方が悪いかもしれないんですが。
>>502さんの書いてくれたやり方でエンコしてみました。
そうすると.joinlogoscp.output.avsやtemp_ほにゃらら.avsがtempファイルに
端から生成されないことないですか？最初から見つからない気がします。
結果のmp4ファイルはちゃんとCMカットされているのですが