>>28です、結果的に自己解決しましたので報告させていただきます。

結論から言いますと、SmartCardのサービスを開始させる際にアカウント設定の部分を弄っていたためにソフトウェア側からカードリーダーが見えなくなっていたようです。
SmartCardサービスの「ログオン」をLocal Serviceに戻したところ問題なく認識するようになりました。

以上、スレ汚し失礼しました。