https://www.vegascreativesoftware.info/us/forum/iphone-se-video-lagging-on-timeline-video-longer-than-audio--108961/

公式フォーラムのこのスレで一度議論されてるよ
解決策について結論から言うと
Handbrakeを使って一度vfr(Variable Framerate)からcfr(Constant Framerate)に変換してから編集するというもの