結局現在は、以前と同じようにAPとしてRT-AC86Uを設定変更して使っています。
参考までにGoogleのスピードテストの結果は4倍近くの差がありました。

ONU兼ルーター直　約70Mbps（ダウンロード）
RT-AC86U経由->ONUルーター　約15Mbps

ただ、Zippyshare等のサイトのダウンロード速度はそれ以上の差があるため、何かチェック機構が入っているのではないかとも考えています。

パケットを分析すればよいのかもしれませんが、そこまでやっていません。

あ、ちなみにどちらもすべて有線での確認です。