141です。
「クラインの壺」読み終えました。
これじゃなかったです。
面白かったし読んだことあるような気がしますが違いました。
雰囲気はすごく似てると思うのですが…

研究所で一緒に働いてた恋人だと思ってた彼女がスパイか何かそういう存在だったという箇所がやっぱり「クラインの壺」ではない。
研究内容はコールドスリープかなにかでスリープから起きたらもしくは最中に襲撃されるみたいな感じで実は彼女は敵だったみたいな。