修正申告と更正では、支払うべき追徴税額も同じです。調査官の否認指摘が全部で100万円だとすると、
修正申告でも更正でも、同じ100万円を支払うことになりますし、加算税や延滞税の金額も同じになります。

ということは、税務調査を受ける側からすると、修正申告と更正では、どちらが不利ということはないのです。
ただ、1点だけ違いがあります。
それは、不服申立てをできるかどうかです。

不服申立てとは、税務署からの処分に納得できない場合、裁判の前段階で税務署もしくは
国税不服審判所に訴えを起こすことをいいます。 修正申告は、自ら納得して提出するものであるため、
救済措置である不服申立てはできませんが、更正の場合は、税務署からの処分であるため、
処分内容に納得できない場合、不服申立てすることができるのです。