>>61さん
ありがとうございます。ふるさと納税のサイトで上限額だけ計算して基礎控除のことは完全に見落としてました。
48万控除が減って11万弱ほど税金増えるんですね…
分離課税分で既にふるさと納税を25万程やってるので、3割還元で7.5万。11万で高い買い物をしてしまいました。

基礎控除捨ててでも含めて確定申告したほうがまだましそうなので、諦めて全て含めて確定申告します。
今回は証券会社一社での譲渡益が分離課税分の利益のほぼ全てなので、今後は証券会社分散させるとかして合計所得が2400万弱で申告できるよう調整します。
勉強になりました。