1. 消えたら困るファイルをバックアップ
2. CrystalDiskInfo でディスクに障害があるか確認

という手順になるのではないかと。

どのみち Windows 自体が起動しなくなるリスクは残りそう
「自己解決」に失敗したら起動しなくなる可能性があるしね

まずはバックアップでしょうねえ…
CrystalDiskInfo で警告出たらディスク障害確定、
警告が無くてもディスク障害の場合もありうるけど、警告が出るかどうか確認するのが先だろう