Rufusを利用せずに、FAT32 1パーテのままでインストールメディアを作成したい場合、
作成したいインデックスのエディションイメージだけをエクスポートして生成させます

Dism /Export-Image /SourceImageFile:%DRIVE%\sources\install.wim /SourceIndex:3 /DestinationImageFile:%TEMP_DIR%\install.wim /Compress:Recovery
Proのインデックスは"3"です　Homeは"1"です
これでFAT32制限内のファイルサイズに収まります

もう一つの方法が、install.wimを分割させる事ですね
Dism /Split-Image /ImageFile:%DRIVE%\sources\install.wim /FileSize:4095 /SWMFile:%TEMP_DIR%\install.swm
こんな感じで分割したものをインストールメディアの\sources\install.wimを削除後にinstall.swm以下のファイルを全てコピーしておきます

今後やりたい人がいたら試してみて下さい