当然Windowsを利用してFAT32にフォーマットしないと、
レガシーブートする場合には領域の最初にあるPBRにブートコードが書き込まれないから、
Vista以降のbootmgrへとリンクするブート形式の場合にはブートしませんよ
インストールメディアはbootmgrを経由してブートするようになっています