ちょい亀だけど、VerUpでプログラム的におかしくなるのは、
ちゃんとソースコード管理できてないだけかと
というか、変数を管理できてないんじゃないかと思うけどね
マリクとジーンでDSとSSの挙動が一緒になってるのはモロにそれだろうし
3.2ってロケテストなかったから、開発室での動作チェックのみなわけで、
まともにテストしなかった（テストはしたが動作したかのみ）んだろうね