機体性能とコスパは連邦の方がいいけど
中身は圧倒的にジオンの方がいいってのが前作からだしな

連邦機はカバー出来る範囲が広く単機でも力技でどうにかなっちゃう部分があるから連携を取らず勝手に俺が俺がで動く
ジオン機はどこかしら欠陥レベルの欠点があるのでそこをお互い補いながら動く必要がある
そうなると団体戦での強みである団体行動が自然に出来上がって有利に進む

結局中身の問題だけどその土壌を作ったのはバンナムの連邦に偏った調整のせい