部隊整備も事前にやるとその時点で装備できる機体が配備されます。
零戦の生産が進むまでは96式が配備されます。

いくら量産指示されようが、ゲームじゃないので要求したらいきなり生産数が増えるなんてことはありません。
工場増築しても生産が軌道に乗るのは先の話、命令したら月間生産数がいきなり倍になるなんて起こりません。