いやブーストフェイズを叩くってことは第一撃を防ぐためにやるんだと思うよ
やり方としてはこんな感じだろうか
緊張が高まり敵国が核ミサイルの発射準備を始める
衛星や侵入している特殊部隊の情報からこれを察知
ただちに沖合に展開した強襲揚陸艦からF-35Bが発艦し敵国領空内に深く侵入する
F-35Bは衛星と特殊部隊からの情報をもとにTELを捜索して発見
センサーが発射光を捉えたら自動追尾を開始して自機のAMRAAMを発射するか
あるいは海上のイージス艦からSM-6を撃せて撃墜する