ペガシスに問い合わせした結果、

音声がMPEG-4 AAC（スマレンのこと？）の時にクリップの接続
箇所ごとに音声が1フレーム分ずつずれる現象を確認した。
原因と対応については調査するので、現状ではクリップ結合時には、
他の音声設定で出力して欲しいとのこと。

今までも、ペガシスは不具合報告するときっちり対応してくれたから、
そのうち修正されるんじゃないかな。

ただ、この現象、結構わかりやすい不具合だと思うのだけど、今まで
放置されてきたことは謎である。