https://helpx.adobe.com/jp/media-encoder/using/export-settings-reference.html

出力サイズをソースに合わせて変更
出力ビデオフレームの高さと幅が、ソースビデオフレームの高さと幅に合うよう自動的に設定され、出力フレームのサイズ設定が無視されます。
出力フレームサイズをソースフレームサイズと同じにする場合にこの設定を選択します。

注意：
「出力サイズをソースに合わせて変更」は、すべての書き出し形式では使用できません。
「ビデオ」タブの「ソースの一致」ボタンをクリックするか、または「ソースの一致」プリセットを選択しても、同じ結果を得ることができます。

この説明がよく分からないのですけどソースパネルでクロップした映像をそのサイズのまま書き出す場合、
「ビデオ」タブの「ソースの一致」に対応してない形式でも「ビデオ」タブの「ソースの一致」ボタンをクリックするか、
または「ソースの一致」プリセットを選択すれば出来るということなんでしょうか？

実際にやってみるとソースのクロップが解除されてしまいます。