呼び出し元のアプリごとに処理が代わるならそれごとにスクリプト組むのが普通だわなぁ
同一スクリプトでコメントアウトで対処することも多いけど
呼び出し元アプリがCLIだけじゃないっていうんだからバッチで振り分けてるわけではなく
ユーザー自身がそのスクリプトをどのアプリに食わせるか判断してるわけだし
自分で判断できるなら自分でコメントアウト箇所いじれるでしょという気はする