CardTool-gui-beta2には次期kwが適用済なので次の祭り以降は
CardTool.iniを開いて以下のように書換える

EXE 内蔵の次期 Kw を使いたく無い場合は
ini 内の [config] 欄で
AdditionalKeyOnly=1
と、すれば ini の Kw が使われる。

;AdditionalKeyOnly=1
↑ 先頭にある ; (セミコロン)を消せばOK