そもそも覇権て何よ？
生態系の頂点て意味かな？

そうだとしたら、例えばかつては両生類が生態系の頂点に君臨していた時代があったのだが、より進化した生物にそれを奪われたわけよ。
で、頂点から転落したから両生類は絶滅したかっていうと、してないわけよ。

だから、魔物が上位で普通の動物が下位ってかたちで、魔物が覇権をとりつつ普通の動物と共存するのは可能だと思われる。