１つ目のノートの段階で詫びるはないかな
特に編集からは放っておくように言われているのであればなおさら
詫びるなんてことすれば、認めたこととほぼ同じこと
出版している以上件の作品を出した出版社への目もあるから、勝手にお詫びなんてされたらたまらんでしょ

それに本人どこまで本当なのかはわからないけど、全部をちゃんと把握していたかわからないからね
少なくとも知らなかったと言っているのだから、細かく対応するのは最初の段階では無理だと思うよ
べつに擁護したいとかってわけではないんだけどね
著作権にあたるかは別として、俺もちょっと他作品に似過ぎてるんじゃない？　って感じてるし