>>50
パレットの並びが線の描画優先順位と連動しているのではないか、というお話でしょうか
連動してないんじゃないですかね…
例えば、黒8の線の上に、青2や赤3の線を描けてしまいますから…
http://i.imgur.com/NTs0ASv.png

パレットの並びを変更する方法も、分からないんですよね…
色サムネイルをドラッグできないし
右クリックメニューの中にもそれらしい項目が無いし

ジブリではどうしてたんだろう？
最初にパレットを作ったら、並びがグチャグチャでもそのまま作業してたんだろうか