プロでも趣味でも９割以上の人が真っ白な画面から描き始める。
UIに支配的な色味があるのは色を扱うツールとして最悪なので、グレーになるけれど、黒っぽいのが支配的でかつコントラストが強すぎるとより残像が残りやすいです。

極端な例だけど、ためしに、この人気サイトの文字を読んでみたら強烈に残像が残るのが確認できます。
ttp://noexit.jp/tn/
背景が黒いと目には良くないんです。フォトショップはスタンダードだけど、実は見にくいUIになると思う。
基本的には絵の画面ばかり見るので、どっちにしてもあまり重要じゃないけれど、SAIは目には優しい方だと思いますよ。
むしろレイヤーとか、もうちょっとコントラストつけてくれと思うくらい。