>>111
二つ方法があるかな

一つは原始的な方法
複数のボーンを選択して、例えばZ軸に合わせるとしたらスケールでXを0,、Yを0みたいな
スケールをかける際はピボットポイント（スケールをかける基準点）を適切に選んでね
「アクティブ要素」（最後にクリック選択したボーンを基準）とか田んぼの稲みたいな感じのボーンなら「それぞれの原点」とか

もう一つはその名もずばり「ボーンを整列」というコマンドがある
アーマチュア→トランスフォーム→ボーンを整列
使い方は複数のボーンを選ぶんだけど、最後にshift+右クリック選択したボーンの向きに合わせる機能
だから基準となる向きのボーンがないといけない

整列した後はCtrl+nでボーンのねじれ具合を直した方が良いかも