保存について教えて下さい

クリスタで漫画を描いたんですが、ある特定の擬音だけ別レイヤーにしてPSDでくれって言われました
いつもはレイヤー構造を保持せずに、全部一括して書き出してるんですが、レイヤー分けしたものを描き出す場合は
こっちで「擬音レイヤー ＋ 擬音以外の統合レイヤー」にあらかじめ整理して、
「複数レイヤーの書き出し」→「一括書き出し」（レイヤーを統合しない設定）で書き出すことになるんでしょうか？
線画もトーンも全部「レイヤーの結合」で手動で統合することになっちゃうけど問題ないですか？
まずいという場合、他にいいやり方がありましたら教えて下さい