すんません質問です

最近AS400DBから出力したファイルをSQLServerに取り込む処理が必要になり、
ファイル転送には全銀TCP/IPを使うことになりました。
データのエンコード（IBM漢字⇔S-JIS）を全銀の変換ユーティリティを行う予定をして
いたのですが、同一ファイル内に全角漢字と半角カナが入った状態での変換時に
エラーが出て、変換が出来ないのが判明しました。
無償でコマンドから実行できたり、DLLを呼び出してエンコードが実行できる様な
ソフトはないでしょうか？
また、有償でお勧めのソフトはありますでしょうか？
どなたかアドバイスを宜しくお願いします（｀・ω・´）