わからんのだけど、MyISAMだと一つのテーブルを更新できるのは一人だけど、
InnoDBで行ロック使う状態なら、ぶつからない限り同時に行けるんだよね？
だとすれば、
複数のスレッドから更新されるようなテーブルで、同じ行の同時書き換えがあまりおきない場合、
待ち時間はInnoDBの方が少なくなるように思えるんだけど。

まあ何を持って速いのかを決めてないけど…