私の所有しているX-T5でもVer3.01にアップデートしてから、電子接点付きマニュアルレンズで開放で撮影した写真のExifのF値が最小絞りの値になる不具合を確認しました。
ここでも数名症状を確認している方がいるので、最新ファームウェアが原因で間違いないと思われます。

再現手順
①電子接点付きマニュアルフォーカスレンズを装着（私はコシナのVoigtlanderのレンズ2本で症状を確認）
②絞り開放の状態でシャッターボタンを1秒以上半押し（開放以外では発生しない）
③シャッターを切る
④再生ボタンで写真を確認すると、撮影時のF値は開放の値だったはずなのに最小絞りの値(F22)で記録されます。PCの現像ソフト等でも同じ。

コシナのVoigtlander以外のマニュアルレンズで症状を確認したわけでは無いですけど（電子接点付きのマニュアルレンズって他にありましたっけ？）
アップデート後に出てきた症状ですし、とりあえず富士フイルムに報告してみようと思います。