一応考察すると
スプライトエディタというのは元々アトラス画像に対して行うものかなぁと

だとすると、外部レイヤーファイルはエディタ使わずにそのままでいい気がするのだけど

因みにアニマ2D は一枚絵にボーン着けて動かすものなので、今回の様に既にパーツ分けして取り込んだのは普通にアニメーションすればいいだけだと思うのだけど