存在が消えたのはダーナと大樹だけで、エタニアの遺跡自体は残っていた筈。
そもそもあの再構築した世界は、実際に起きた過去の出来事まで改変しているのではなくて、あくまで今まであった世界が壊れた後に設定を変えて作り直した世界なのではないかと思ってる。
ダーナが進化の理になっている世界では存在の痕跡を残せないから関係者の記憶をいじってあるんではないかと。