知り合いがPCを買い換えて今まで使ってた古いPCをくれたので、システムドライブのクラスタサイズを変更してXPをインストールしてみた
手順は事前にWin7のインストールディスクのメニューのシステム回復オプションから起動できるコマンドプロンプトでDiskpartコマンドで
パーティションを作成しておいて、後は普通にXP home edithion(SP3統合済み)をインスコする。
事前に作成したパーティションの状況は以下(今後のトレンドを見越してアライメントを弄ってある)

[(セクタ0)　　　　　　　MBR]
[(セクタ1〜63)　　　　空きセクタ]
[(セクタ64〜24639)　Z:、NTLDR用システムパーティション、NTFS、クラスタサイズ4k、12MBだけ]
[(セクタ24640〜)　　 C:、OS用ブートパーティション、NTFS、クラスタサイズ64k、]
これで普通にC:にインストール出来、Z:にNTLDR等の起動に必要な500KBくらいのファイルが勝手に配置される。
後は普通に使えるが、これまで使っていたPCではないので体感で変わったかどうかは不明。
ただ、通常のデフラグでは解消できないMFTやNTFSのメタファイルやレジストリ等が
断片化しにくくなるというメリットは確実にある。速くなるというより遅くなりにくくなる。
断片化しにくくするという観点から言うと、いくら容量が無駄になろうと 64KB にしといた方がいい。

本当はZ:にはドライブ文字を割り当てず、かつ隠し属性にしたいが、XPのhome editionでMBRのベーシックディスクだと
Diskpart でこれらの属性にしようとするとそのHDDの全てのパーティションに属性が適用されてしまうので断念した。
OSインストール前に Gparted Live CD でZ:ににhiddenフラグを付けてみたが、
これだとOSインストール開始してC:にファイルをコピーして再起動した後にHDDから起動出来ないので駄目。