うーん、そうですか。
Windowsの場合いったんドライバの設定がキャッシュされると
いくらファームウェアを入れ替えてもその設定が使われる
というを経験したことがあります。

新しいデバイスとして認識させるにはデバイスのIDを変更するのが
手っ取り早いです。config.hでPRODUCT_IDを変更してみてください。
デバイス認識時に新たにドライバが読み込まれると思います。

これぐらいですかね。いま思いつくのは。