>>915さんとか
壊れかけのHDDに対して
ChkDsk（チェックディスク）等、何かするとエラーが広がってゆく場合がある
という事をご存知の方も多いかと思います

専門家ではないので不確かですが、恐らくはUSBにも同じことが言えるのではないでしょうか？

あくまで「現状では」という前提条件がつきますが
Check Flash等でおかしくなるのはそもそも不良ではないのか？
と自分は思ってしまいます

※OSが不安定だったり、エラーの現象が不特定だったりするする場合には
※メインメモリのエラーの可能性もあるかと思います