え〜。複数のドメインを運用できるんだけど、それは、メインドメインのサブドメインという扱いで、紐付けして使えるようになってるわけ。
で、それっていうのはこの手のホスティングサービスでは、デフォルト。

なんで、この場合、複数ドメイン＝サブドメインということになる（言葉の上で説明が足りなかったのはごめんね。あくまで、扱いの話だと思って欲しいです）
domain.comがメインドメインだとすると、新しいドメインをホスティングすると、自動的に、new.domain.comというサブドメが作成されて、new.comに紐付けられるわけですわ。

で、ワイルドカードは使えるかもしんないけど、new.comでワイルドカードが使えても、domain.comでワイルドカードが使えても意味ないんですわ。
どっちもで、シングルルートが必要なんですわ。
この、サブドメで独自SSLが使えないかもって言うのは、鬼門だった。。。こっちは、大体使えるのがデフォ。
もしかしたら、サポートが間違ってて（色々なサーバ共通でやってるからね、他のサービスのスペックと間違えることもあるかも、と）使えるんだといいなぁ、とおもって、2chで誰かやったことないかな、と思って書き込んだ、というのが質問の意図ですわ。