独自ドメイン2個割り当てて複数サイトのように使えているだけで実際は1サーバーだからバックアップから巻き戻したら両方戻っちゃうんだろうな
別に深刻でも何でもなく些細な不便程度の問題じゃん

そんな細かい部分にまでこだわるならインストール時にサイトAのWordPress用データベースとサイトBのWordPress用データベースと分けて作っておき、バックアップから巻き戻す時は該当データベースだけ戻せばいいよ

VPSとWINGの区別がつかない人にこの説明で伝わんないかもしれないけど