まあ実際問題サブクラス経由のqueryAllがきちんとサブクラスのインスタンスを返してくれるようになるかは分からないけどな
Arrayとかネイティブの奴はES6できちんと継承が考慮がされた設計にされたけど
DOMの継承を利用した奴はこれから実装される段階だしおそらくissueになると思う

まあ例えElementsのままでもサブクラス側では機能を実装する必要はなくて
queryAll{return new SubClass(super.queryAll())}みたいなのでいいだろうし
全てのメソッドをオーバーライドするのが面倒臭ければそれこそProxyをプロトタイプに挟めばいいか
なんにせよこれは重大な問題提起だと思うね