AtomとGitがまったくの無関係というのははしょりすぎかと
Gitに関してはその通りで現状デファクトスタンダードのバージョン管理システム
そのGitを使ったサービスにGitHubがある
自分でGitサーバー建てたりリポジトリ作ったりせずに手軽にGitが使える
Gitと聞いて｢=GitHub｣だと思う素人さんもいるぐらいには有名
で、そのGitHub社が開発したのがAtom
なのでAtomにはGit連携が標準でついてる
自分とこのサービス使ってほしいからね
ちなむとAtomはElectronで作られてる
ElectronはHTMLとCSSとJavaScriptでデスクトップアプリを作れるフレームワークでこれもGitHub社が開発した