平成27年度線区別収支状況より

輸送密度500人未満の線区と日高線の合計 △88億0800万円
上記以外の線区合計 △324億9700万円
北海道新幹線収支 △約48億円

まあ、全体からすれば約20%といったところか。
廃止しても根本的解決にはならんよ。