鉄道を地下化するのは頭イカれるぐらい金がかかる。南海なんばみたいな巨大な駅ならなおさら。
東横線渋谷駅は実際には副都心線渋谷駅であり、建設は東京メトロ主体
地上駅を廃止できたのは直通運転の結果であり、再開発のためだけに地下化するのは無茶だと思います。